Первым ректором университета стал доктор исторических наук Зураб Вианорович Анчабадзе.
Абхазский государственный университет был создан на базе Сухумского государственного педагогического института, открытого в 1932 году. В 1932 году Постановлением Народного комиссариата просвещения Абхазии был открыт Сухумский государственный педагогический институт им. А. М. Горького, первым директором которого был Андрей Максимович Чочуа. На трех факультетах агро-биологическом, физико-математическом и общественно-литературном обучалось 85 студентов. В институте было всего три кафедры и 17 сотрудников.
На сегодняшний день в Абхазском госуниверситете:
- 9 факультетов (физико-математический, биолого-географический, исторический, филологический, юридический, экономический, педагогический, агро-инженерный, факультет искусств, 42 кафедры, где реализуется уровневая система подготовки кадров по различным направлениям бакалавриата, специалитета, магистратуры и аспирантуры;
- более 2 500 студентов, включая иностранных;
- несколько диссертационных советов; приоритетными направлениями научных исследований являются математика, биология, экология, цикл дисциплин абхазоведения, археология, педагогика;
- Научная библиотека им. Д.И. Гулия;
- Республиканский центр повышения квалификации и переподготовки специалистов;
- Учебно-научный центр нартоведения и полевой фольклористики;
- Информационно-вычислительный центр и Пресс-центр;
- Международный отдел;
- газета «Апсуа университет».
Некоторые факты из истории вуза:
- В 1936 году был осуществлен первый выпуск студентов института.
- Перед началом Великой Отечественной войны в институте уже функционировало семь факультетов: физико-математический, языка и литературы, истории, географии, естествознания, иностранных языков, физвоспитания и спорта. В институте обучалось 2076 студентов, сотрудников было 103 человека.
- Более 500 студентов и сотрудников института участвовали в Великой Отечественной войне, 160 награждены орденами и медалями.
- В 1946 году при институте была открыта аспирантура по специальностям: математический анализ, физическая география, история СССР, новая история, грузинский язык, грузинская литература.
- В 1954 году на факультете языка и литературы был открыт абхазский сектор, начавший подготовку педагогических кадров для абхазских школ.
- В 1956 году была создана кафедра абхазского языка и литературы, заведующей кафеой стала Тамара Платоновна Шакрыл.
- В 1983 году был введен в строй новый корпус университета (ныне – ул. Званба, 9).
- В 1989 году произошел раскол АГУ по национальному признаку. На базе грузинского сектора АГУ решением Совмина Грузии был создан Сухумский филиал Тбилисского госуниверситета.
- В годы Отечественной войны народа Абхазии 1992-1993 гг. 94 сотрудника и студента АГУ погибли, защищая Родину.
- В ноябре 1993 г. работа АГУ возобновилась в здании бывшего Грузинского института субтропического хозяйства.
- В АГУ вошел в Евразийскую ассоциацию университетов.
- В 2006 году президент С. В. Багапш подписал указ «О придании автономного статуса Абхазскому государственному университету»;
- В 2015 году АГУ был включен в Оксфордский Академический Союз, а ректор Алеко Гварамия избран членом Совета этого Союза.
- В 2016 году при педагогическом факультете открылось отделение искусств.
- В 2018 году введено в строй новое студенческое общежитие АГУ на 200 человек.
- 7 октября 2022 года решением ученого совета АГУ отделение искусств было преобразовано в факультет искусств.
- В 2023 г. В АГУ открылась новая специальность «дирижер академического хора".
